הלימודים לתואר מוסמך האוניברסיטה במדעים (M.Sc)

יושב ראש הוועדה החוגית לתואר שני: ד"ר שרית אברני

שימו לב: השנתון מכיל מידע כללי ותקנון החוג המתפרסם באתר החוג ומתעדכן משנה לשנה נוגע בנושאים ספציפיים יותר. הם משלימים זה את זה, אולם במידה ויש ספק השנתון קובע.

תנאי קבלה
ממוצע 83 לפחות בתואר בוגר במדעי החיים מאוניברסיטה או מכללה מוכרים בארץ או בחו"ל. מועמדים מדיסציפלינה אחרת או שממוצע הציונים שלהם נמוך מהסף החוגי, קבלתם תידון בוועדת הקבלה החוגית. כל המועמדים יידרשו להגיש תיק מועמד ולעמוד בראיון אישי.

שלבי הגשת מועמדות למסלול הכללי ולמסלול  לביואינפורמטיקה:
א. התקשרות עם מנחה. על המועמדים לקבל הסכמה של חבר.ת סגל בחוג להנחות אותם. מנחה ראשי יכול להיות חבר סגל אקדמי בכיר מהחוג לביולוגיה אבולוציונית וסביבתית בקמפוס חיפה או מהחוג לביולוגיה וסביבה בקמפוס אורנים בלבד. אמריטוס של החוג יוכל להיות מנחה ראשי באישור וועדת המאסטר החוגית.
ב. העברת תיק מועמדות מלא. לוועדת המאסטר החוגית, דרך מזכירות החוג (במייל). התיק יכלול:
1. קו"ח עדכניים.
2. אסמכתאות על לימודי הבוגר, כולל סריקה של תעודת הבוגר (B.Sc) ותדפיס קורסים וציונים, שניהם מקור/נאמן למקור, כלומר חתום ע"י המוסד, וכן כל תעודה רלוונטית נוספת, למשל: הוראה, ניסיון מקצועי וכדומה.
3. שתי המלצות מאנשי אקדמיה.
4. המלצת מנחה.ים הכוללת את נושא עבודת המחקר העתידית, אופן ביצוע המחקר (אם יש כמה מנחים יש לציין כיצד יתחלק המחקר בין המעבדות השונות), וכל מידע רלוונטי שמוצאים לנכון להעביר לוועדה (במידה ומדובר בהנחייה משותפת, על שני המנחים לחתום על המכתב). באם יש דרישה להשלמות קורסים, יש לציין זאת בסוף מכתב ההמלצה, כסעיף נפרד מההמלצה עצמה. בנוסף, בסוף מכתב ההמלצה יש לכלול התחייבות לתשלום מלגת הקיום.
5. הצהרת כוונות: המועמד יכתוב מכתב קצר (עד עמוד) בו יספר מעט על עצמו, יפרט את נושא המחקר וחשיבותו, שיטות המחקר, כמו גם מניעים ושאיפות להשתלבות במחקר ובלימודים בחוג וככל האפשר שאיפות לעתיד. בתחתית העמוד יש לצרף אישור מנחה.ים (משפט אישור וחתימה של המנחה). במידה ומדובר בהנחייה משותפת, המנחים מחויבים לחתום על הצהרת הכוונות על מנת לוודא שיש תיאום ביניהם. כמו כן, על המנחה להתחייב לממן את עלויות המחקר עצמו.
ג. רישום ללימודי תואר שני בחוג. הרישום יתבצע לפני תחילת הסמסטר (סתיו-סמסטר א או אביב-סמסטר ב).
ד. פגישה עם ועדת קבלה.

בנוסף, מועמדים בוגרי אוניברסיטאות מוכרות מחו״ל וכן בוגרי אוניברסיטאות בעלות שלוחות בישראל, אשר פועלות באישור המועצה להשכלה גבוהה, יחויבו לעמוד בהצלחה במבחן GRE או בלימודי השלמה במסגרת התואר הראשון. לפרטים נוספים, יש לפנות לתקנון לימודים לתואר שני ו/או לוועדה החוגית לתלמידי מוסמך.

מועמד בעל תואר ראשון במוסד מוכר להשכלה גבוהה ששפת ההוראה בו אינה עברית חייב לעמוד בבחינת ידע בעברית ברמה הנדרשת על ידי האוניברסיטה כתנאי זכאות לתואר.

מבנה ומשך הלימודים
הלימודים בחוג הם במסלול א׳ בלבד, הכולל עבודת מחקר וכתיבת תזה.  משך הלימודים כולל הגשת התזה – שנתיים. סה"כ שעות צבירה בתואר – 36.
בניית המערכת תתבצע בייעוץ ובאישור המנחה והועדה החוגית ללימודי מאסטר.

פרוט הלימודים:
-קורסי חובה בהיקף של  16 שעות שבועיות סמסטריאליות.
-קורסי בחירה בהיקף של עד 12 שעות שבועיות סמסטריאליות.
-קורס עבודה מחקרית (תזה) בהיקף 8 שעות שבועיות סמסטריאליות.

קורסי חובה:
1. תכנון ניסויים, איסוף נתונים וניתוח תוצאות מדעיות – 4 שעות שבועיות סמסטריאליות
2. פרקים נבחרים באבולוציה אורגניזמית – 2 שעות שבועיות סמסטריאליות
3. יסודות האבולוציה המולקולרית – 2 שעות שבועיות סמסטריאליות
4. אקולוגיה של אוכלוסיות – 2 שעות שבועיות סמסטריאליות
5. גנטיקה של אוכלוסיות – 2 שעות שבועיות סמסטריאליות
6. כתיבה מדעית –  2 שעות שבועיות סמסטריאליות
7. פורום תלמידי מחקר – 2 שעות שבועיות סמסטריאליות (רישום במהלך שנתיים, בסיום התואר יינתן ציון "השלים" וזיכוי 2 שש"ס).
דרישות: נוכחות 80% לפחות במהלך התואר וכן הצגת הצעת המחקר בסוף שנה א' ללימודים וכן הצגת תוצאות סיום בסוף שנה ב'
8. סמינר חוגי – השתתפות חובה ב  40 מפגשים במהלך התואר (ללא זיכוי שעות).
9. קורס עבודה מחקרית (תזה) –  8 שעות שבועיות סמסטריאליות (בסיום התואר יינתן ציון "השלים")

קורסי בחירה:.
נדידת ציפורים (קורס מרוכז לפני תחילת הסמסטר) – 4 שעות שבועיות סמסטריאליות
התפתחות עוברית ומנגנוני אבולוציה – 2 שעות שבועיות סמסטריאליות
יחסי גומלין צמחים ובעלי חיים – 4 שעות שבועיות סמטריאליות
מיפוי גנומי – 2 שעות שבועיות סמסטריאליות
שעונים ביולוגיים – 2 שעות שבועיות סמסטריאליות
מיקרוביולוגיה סביבתית – 2 שעות שבועיות סמטריאליות
אבולוציה מיקרוביאלית – 2 שעות שבועיות סמטריאליות
מחלות צמחים – 4 שעות שבועיות סמסטריאליות
אבולוציה של התנהגות – 2 שעות שבועיות סמסטריאליות
גנומיקה של דגניים – 2 שעות שבועיות סמסטריאליות
ביולוגיה של 'סטרס' – 2 שעות שבועיות סמסטריאליות
מדוע סקס: המסתורין של רקומבינציה סקסואלית – 2 שעות שבועיות סמסטריאליות
מבוא לבניית עצי תורשה – 2 שעות שבועיות סמסטריאליות
אבולוציה כאלגוריתם למידה – 2 שעות שבועיות סמסטריאליות
אלגוריתמים בגנומיקה חישובית – 3 שעות שבועיות סמסטריאליות
סמינר בשיטות פילוגנטיות – 2 שעות שבועיות סמסטריאליות
שיטות מחקר בביואינפורמטיקה – 4 שעות שבועיות סמסטריאליות
סדנא בביואינפורמטיקה (קורס מרוכז במהלך חופשת סמסטר) – 3 שעות שבועיות סמסטריאליות

קורסי תכנות
תכנת R   שלוש  שעות שבועיות סמסטריאליות
תכנות ב MATLAB (החוג לנוירוביולוגיה) 3 שעות שבועיות סמסטריאליות (לא יתקיים בתשפ"ד)
תכנות ב PYTHON (החוג לנוירוביולוגיה) 3 שעות שבועיות סמסטריאליות 

שימו לב: החוג שומר לעצמו הזכות לערוך שינויים בקטלוג הקורסים בהתאם לצורך ולמספרי התלמידים בקורסים.
חלק מהקורסים יוצעו אחת לשנתיים.
חלק מהקורסים ייועברו בשפה האנגלית.

השתלמויות ללא קרדיט. לא ייחשבו במניין השעות לתואר.
סמינר מחלקתי חובת נוכחות ב  40 מפגשים במהלך התואר.
בטיחות במעבדה בתיאום עם מחלקת בטחון. כל שנה במהלך התואר.
הסמכה למחקר בבעלי חיים מיועד לתלמידים אשר עבודת התזה שלהם כוללת מחקר בבעלי חיים.

תנאי מעבר משנה א׳ לשנה ב׳
תלמידים שנכשלו בשני קורסי חובה או יותר לא יוכלו להמשיך את לימודיהם בחוג.

תלמידים שנכשלו בקורס חובה יצטרכו לחזור עליו שנית בשנה העוקבת. במידה ויכשלו שוב לא יוכלו להמשיך את לימודיהם בחוג.

ציון מעבר בקורס הוא 66.

תנאי מעבר משנה א׳ לשנה ב׳ ממוצע 76.

ציון סופי
הציון הסופי יורכב כדלקמן:
30% ציוני הקורסים והעבודות הסמינריוניות.
50% עבודת התיזה. התיזה תישלח להערכה גם לשני בוחנים חיצוניים.
20% בחינת הגנה על תזה. הבחינה תיערך בהשתתפות המנחה.ים והשופטים.

תלמידי החוג מתבקשים לעיין בתקנון הרשות ללימודים מתקדמים http://graduate.haifa.ac.il/index.php/he

לימודים לתואר מוסמך האוניברסיטה במדעים M.Sc. בביולוגיה אבולוציונית וסביבתית עם התמחות בביואינפורמטיקה

ראש התכנית: דוקטור איל פריבמן

טלפון: 054-5224888

privman@univ.haifa.ac.il

ביואינפורמטיקה הינו מקצוע מתפתח וחשוב, התופס חלק הולך וגדל בענפי המחקר והתעשייה העתידיים. כמויות המידע הביולוגי המצטברות וההתפתחות המרשימה בענפי הביוטכנולוגיה, במיוחד בעקבות מהפכת טכנולוגיות הריצוף, הציבו אתגרים חדשים בפני המדע והתעשייה והובילו להתפתחות מקצוע בין-תחומי זה. ביואינפורמטיקה מביאה שיטות מתחום מדעי המחשב, המתמטיקה והסטטיסטיקה, לאתגרים בניתוח מאגרי מידע אדירים של רצפים גנומיים ונתונים נוספים, כדי לתת מענה לשאלות ובעיות בחזית המחקר במדעי החיים והרפואה.

תנאי קבלה
התוכנית מיועדת לסטודנטים בוגרי תואר ראשון B.Sc. במדעי הטבע (כולל ביולוגיה), מדעים מדוייקים והנדסה. יתקבלו בוגרי תואר ראשון ממוסד מוכר להשכלה גבוהה בארץ או מחוץ לארץ בציון סופי 85. בנוסף נדרש ציון 80 לפחות בקורסים המתמטיים. מועמדים יוזמנו לראיון אישי בוועדת קבלה חוגית המורכבת מאנשי סגל בחוג לביולוגיה אבולוציונית וסביבתית. הוועדה רשאית, על פי שיקוליה, להחמיר או להקל בתנאי הקבלה הנזכרים לעיל. על המועמדים ליצור קשר עם מנחים פוטנציאלים עוד בטרם החלו בהליך ההרשמה.

מועמדים בוגרי אוניברסיטאות מוכרות מחוץ לארץ וכן בוגרי אוניברסיטאות בעלות שלוחות בישראל, אשר פועלות באישור המועצה להשכלה גבוהה, יחויבו לעמוד בהצלחה במבחן GRE או בלימודי השלמה במסגרת התואר הראשון. לפרטים נוספים, יש לפנות לתקנון לימודים לתואר שני ו/או לוועדה החוגית לתלמידי מוסמך.

מבנה הלימודים
הלימודים במסלול ההתמחות בביואינפורמטיקה הם במסלול א׳ בלבד, הכולל ביצוע מחקר וכתיבת עבודת גמר מחקרית (תזה). משך הלימודים בתכנית הוא שנתיים כולל כתיבת תיזה, כשעל התלמיד להשלים קורסים בהיקף 36 שעות שבועיות סמסטריאליות לפחות (לא כולל לימודי השלמות). היקף קורסי התכנית בביואניפורמטיקה יהיה 12 שעות שבועיות סמסטריאליות לפחות*.
התלמיד יבנה תכנית לימודים אישית בתאום עם המנחה של עבודת הגמר ובאישור ראש התכנית.
ניתן ללמוד קורסים מתחומי הביולוגיה או קורסים ייעודים מחוגים אחרים הנדרשים לצורך השתלמות הסטודנט.

*תחום ההתמחות יצוין על גבי תעודת המוסמך.

קורסי חובה בביולוגיה אבולוציונית וסביבתית בהיקף 16 שש"ס
לפי הפירוט לעיל במסגרת תכנית הלימודים של החוג.
השתלמויות ללא קרדיט – כמפורט לעיל

קורס חובה בביואינפורמטיקה
שיטות מחקר בביואינפורמטיקה (שיעור ותרגיל)  4 שעות  שבועיות סמסטריאליות 

חובת בחירה ביואינפורמטיקה 8 שעות שבועיות סמסטריאליות לפחות 
אלגוריתמים בגנומיקה חישובית (שעור ותרגיל)- 3 שעות שבועיות סמסטריאליות
שיטות הסתברותיות בגנומיקה (נדרש רקע במדעי המחשב) – 3 שעות שבועיות סמסטריאליות
מיפוי גנומי – 2 שעות שבועיות סמסטריאליות
סדנא בביואינפורמטיקה (סדנא מרוכזת בחופשת הסמסטר) – 3  שעות שבועיות סמסטריאליות
בקרת גנים במהלך התפתחות עוברית ובאבולוציה (ביולוגיה ימית) – 3 שעות שבועיות סמסטריאליות (לא יתקיים בתשפ"ד)
יסודות האבולוציה המולקולרית – 2 שעות שבועיות סמסטריאליות
שעונים ביולוגיים – 2 שעות שבועיות סמסטריאליות
אבולוציה מיקרוביאלית – 2 שעות שבועיות סמסטריאליות
סמינר מחקר בביולוגיה כמותית ומודלים (ביולוגיה ימית) – 2 שעות שבועיות סמסטריאליות
ביואינפורמטיקה וביופיזיקה מבנית (ביולוגיה של האדם) –  4 שעות שבועיות סמסטריאליות
קורס R שלוש שעות שבועיות סמסטריאליות
יישומי למידת מכונה בביולוגיה (נוירוביולוגיה) – 2 שעות שבועיות סמסטריאליות (
מבוא לעיבוד נתונים ב fMRI (נוריוביולוגיה) –  4 שעות שבועיות סמסטריאליות

ייתכנו שינוים בקטלוג הקורסים, חלק מהקורסים יינתנו באנגלית

סטודנט שלא לא למד קורס תכנות במסגרת לימודים קודמים ידרש להשלים במסגרת קורסי חובת-הבחירה קורס תכנות:
תכנות ב-Python לביולוגים – 3 שעות שבועיות סמסטריאליות

הלימודים לתואר דוקטור לפילוסופיה (Ph.D)

יושב ראש הוועדה החוגית לתואר שלישי:  דוקטור עמאד שמס

שימו לב: השנתון מכיל מידע כללי ותקנון החוג המתפרסם באתר החוג נוגע בנושאים ספציפיים יותר. הם משלימים זה את זה, אולם במידה ויש ספק השנתון קובע.

תכנית הלימודים מיועדת להכשיר את מסיימיה לעבודה במחקר במדעי החיים. המחקרים בקבוצות המחקר השונות בחוג כוללים מחקרים בשדה ובמעבדה בשיטות מולקולריות מודרניות בשילוב עם מחקרים תיאורטיים הכוללים מודלים בגנטיקה מתמטית, ביואינפורמטיקה, האבולוציה והמגוון של הגנום. המחקרים מבוצעים במספר  אורגניזמי-מודל וגם באורגניזמים אחרים מבקטריות ליונקים וצמחים עילאיים, וכן בנושאים של יחסי גומלין בין צמחים ובעלי חיים, אקולוגיה, שמירת טבע, אקופיסיולוגיה, כרונוביולוגיה ואבולוציה של תהליכי התפתחות עוברית.

תנאי קבלה
יתקבלו מועמדים מצטיינים בעלי תואר מוסמך (M.Sc או תואר מקביל) במסלול עם כתיבת תיזה בתחומי מדעי החיים כגון ביולוגיה, חקלאות, ביוטכנולוגיה, ביואינפורמטיקה או מדעי הרפואה, שהגישו עבודת תיזה שאושרה. יתקבלו מועמדים בעלי ציון כללי ממוצע של 85 לפחות לתואר מוסמך, כאשר הציון על עבודת התיזה הוא 86 לפחות (טוב מאוד). תלמידים שפירסמו  מאמר בכתב עת מדעי בינלאומי, או שששלחו כתב-יד לפרסום, או הציגו את מחקרם בכנס בינלאומי יזכו לעדיפות.

מועמדים העומדים בקריטריונים לקבלה ידרשו להתקשר עם מנחה פוטנציאלי (חבר סגל בדרגת מרצה בכיר ומעלה, או חבר סגל מדרגת מרצה ובשיתוף פעולה עם חבר סגל אחר מדרגת מרצה בכיר ומעלה), לסכם איתו על נושא עבודת המחקר ולהעביר למזכירות החוג את המלצת המנחה המיועד ונושא המחקר וכן הצהרת כוונות שתכלול הצגה של בעיית המחקר ושל שיטות המחקר העיקריות. לאחר קבלת מסמכים אלה, 
המזכירות תשלח למועמד הנחיות להכנת תיק מועמדות שיועבר לועדת הקבלה החוגית ויקבע ראיון קבלה עם נציגי ועדת הדוקטורט החוגית.

תכנית המחקר והלימודים
משך תכנית המחקר והלימודים-  ארבע שנים. לקבלת התואר ״דוקטור לפילוסופיה״ ידרשו התלמידים למלא את התנאים הבאים:
א. השלמת קורסים בהיקף 8 שש"ס:
קורס חובה כתיבה מדעית                                      2 שעות שבועיות סמסטריאליות
קורסי בחירה באישור המנחה והועדה החוגית        6 שעות שבועיות סמסטריאליות       

חובת השתתפות ללא קרדיט: סמינר מחלקתי חובת נוכחות ב 60 מפגשים במהלך התואר.

פורום מחקר חובת נוכחות של 80% לפחות במהלך התואר. בנוסף, התלמיד יציג הצעת המחקר בסוף שנה א לאחר הגשתה לשיפוט וכן את תוצאות עבודת המחקר עם סיומה וזאת בתיאום עם האחראי על הפורום. 

הערה: תלמיד שיבקש ללמוד קורסים מחוג או מוסד אחר יעביר בקשתו בצרוף המלצת המנחה לועדה החוגית ללימודי דוקטורט.

תכנית ההכשרה של בית ספר בלום ללימודים מתקדמים
במהלך השנה הראשונה ללימודים וכתנאי מעבר לשנה ב, יידרשו הסטודנטים להשתתף במינימום שני מפגשים במסגרת ההכשרה של בית ספרבלום.

סטודנטים אשר ישתתפו ב- 14 מפגשים, יוכלו לזכות בקרדיט של 2 שעות שבועיות סמסטריאליות, וזאת, בכפוף לאישור הוועדה ללימודי תואר שלישי ובלבד שעמדו במשך הזמן הנורמטיבי ללימודים הקבוע בתקנון.

מסגרת ההכשרה של בית ספר בלום מפורסמת באתר האינטרנט של הרשות ללימודים

מתקדמיםhttps://graduate.haifa.ac.il/index.php/he/component/sppagebuilder/?view=page&id=17

ב. תוכנית המחקר ואישורה
במהלך השנה הראשונה יהיו התלמידים במעמד של תלמידי מחקר שלב א׳. עם הגשת הצעת המחקר ולא יאוחר מסוף שנת הלימודים הראשונה תמנה הרשות ללימודים מתקדמים ועדה מלווה לכל דוקטורנט על בסיס המלצת הוועדה החוגית.

במהלך השנה הראשונה יכתבו התלמידים את התוכנית המפורטת למחקר הדוקטורט באנגלית בפורמט המקובל של הצעת מחקר לאקדמיה הישראלית למדעים כולל תוצאות ראשוניות. תכנית המחקר תהיה מקורית ובעלת סיכוי טוב לקידום הידע וההבנה בתחום הנחקר.

הצעת המחקר תיבדק על ידי הוועדה המלווה ועיקרי ההצעה יוצגו לוועדה המלווה. דו"ח סיכום הפגישה של הועדה המלווה יהווה אישור של הצעת המחקר אשר יאושרר על ידי ועדת הדוקטורט החוגית. בהתאם לכך, יעביר הרל"ם אישור רשמי והתלמיד יעבור למעמד של תלמיד מחקר שלב ב'.

ג. ביצוע המחקר ודוח התקדמות
בתחילת כל שנת לימודים יגיש התלמיד דו"ח התקדמות לרשות ללימודים מתקדמים לאחר אישור המנחה וועדת הדוקטורט החוגית.
לאחר שנה וחצי עד שנתיים ולא יותר משנתיים ממועד הכינוס  הוועדה המלווה תתכנס לפגישת התקדמות. במידה וידרשו כינוסים נוספים של הועדה, על הסטודנט יהיה להציג את התקדמות המחקר בפני הוועדה המלווה. לפני תום הדוקטורט תתכנס הוועדה המלווה על מנת לאשר את כתיבת התיזה והגשתה.

ד. הגשת עבודת הדוקטורט לשיפוט
עם סיומו, יסוכם המחקר באחת משתי הדרכים הבאות לפי המלצת המנחה והוועדה המלווה ובאישור ועדת הדוקטורט החוגית:

(1) דוקטורט פרסומים בהתאם לתקנון לימודי תואר שלישי. 

(2) חיבור רגיל, על פי תקנון האוניברסיטה ללימודים לתואר שלישי.

לאחר אישור הוועדה המלווה את הגשת עבודת הדוקטורט תוצגנה תוצאות המחקר על־ידי התלמיד בפורום תלמידי המחקר.

ה. שיפוט עבודת הדוקטורט  
לאחר אישור הגשת העבודה לשיפוט על ידי המנחה, הוועדה המלווה והוועדה החוגית, תועבר עבודת הדוקטור לרשות ללימודים מתקדמים להמשך הליך השיפוט בהתאם לתקנון ללימודי תואר שלישי.

מסלול לימודים ישיר לדוקטורט
למסלול זה יוכלו להתקבל תלמידים לאחר סיום לימודי תואר ראשון B.Sc בהצטיינות.

ועדת הדוקטורט החוגית תדון בכל בקשה ותקבל בכל שנה את התלמידים הראויים ביותר. כמו כן, תלמידים שהשלימו קורסים בציון מספרי בהיקף של 13 שעות שבועיות סמסטריאליות בלימודי תואר שני בביולוגיה אבולוציונית וסביבתית בהצטיינות (ציון ממוצע של 90 לפחות), ונושא המחקר שלהם הוגדר ואושר על ידי מנחה/י העבודה, יוכלו להגיש מועמדות לעבור למסלול הישיר לדוקטורט בסוף שנת הלימודים הראשונה בלבד. ועדת הדוקטורט תדון בבקשות אלה ותאשר את קבלת התלמידים המתאימים למסלול.

בכל מקרה, על התלמידים משתי האפשרויות להשלים קורסים בציון מספרי ברמת תואר שני בחוג לביולוגיה אבולוציונית סביבתית (M.Sc) בהיקף של 26 שעות שבועיות סמסטריאליות לפחות.

תלמיד המעוניין להפסיק את לימודיו בשלב המוסמך של מסלול הישיר לדוקטורט, ולהשלים את לימודי המוסמך במסלול א', יהא רשאי לעשות זאת ובלבד שזכאותו לתואר שני במסלול הישיר טרם אושרה. במקרה זה על התלמיד יהיה להשלים את מכסת הלימודים ושאר החובות הנדרשים לקבלת התואר השני במסלול א'.